Görkəmli dövlət xadiminin qədim diyardan Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisinə və Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisinə deputat seçilməsi böyük təcrübəyə malik olan qüdrətli siyasətçinin ölkənin ictimai-siyasi həyatında yaxından iştirak etməsinə meydan açıb. Görkəmli dövlət xadiminin 1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisində keçirilən fövqəladə sessiyada deputatların və iclas zalının qarşısına toplaşan minlərlə insanın təkidi ilə Ulu Öndərin Ali Məclisin Sədri seçilməsi Azərbaycanın müstəqillik yollunun əsasını qoyub. Naxçıvan parlamentinin yeni tərkibdə 1990-cı il noyabrın 17-də keçirilən ilk sessiyası deputatların istəyi və böyük təkidi nəticəsində Ulu Öndər Heydər Əliyevin sədrliyi ilə öz işinə başlamışdı. Sessiyada gündəliyə çıxarılan məsələlər və qəbul edilən tarixi qərarlar, ümumilikdə, Azərbaycanın müstəqilliyinə və suverenliyinə hesablanmışdı. Fenomen şəxsiyyət Naxçıvanda milli qurtuluşun, milli dövlətçilik quruculuğunun təməllərini özünün zəngin təcrübəsinə və Naxçıvanda daim yaşadılan qədim Azərbaycan dövlətçilik ənənələrinə əsaslanaraq atıb. 1990-cı ildə Azərbaycan olduqca mürəkkəb situasiya qarşısında idi.
SSRİ-nin dayaqlarının sarsıldığı bir dövrdə keçmiş İttifaq miqyasında baş alan hərc-mərclik ölkələrin daxili həyatına da sirayət etmişdi və idarəetmə potensialı aşağı olan respublikalarda çox mürəkkəb siyasi-hüquqi kataklizmlər cərəyan etməkdə idi. Həmin dövrdə Naxçıvan Muxtar Respublikasının blokada şəraitində olması, sosial-iqtisadi durumunun bərbadlığı, hakimiyyətin muxtar qurum üzərində oynamağa çalışdığı oyunlar Naxçıvanın vəziyyətini olduqca mürəkkəbləşdirmişdi. Yalnız 1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri seçilən Ümummilli Lider Heydər Əliyevin gərgin fəaliyyəti və səyləri sayəsində muxtar respublikada sabitlik təmin edildi və Naxçıvanda sosial-iqtisadi vəziyyət yaxşılaşdırıldı. Müharibənin davam etdiyi, sənaye məhsullarının çatışmadığı, elektrik enerjisinin olmadığı, sosial-iqtisadi durumun kəskin olduğu şəraitdə Ali Məclisin Sədri seçilən Ulu Öndər Heydər Əliyev həyata keçirdiyi islahatlar, gördüyü tədbirlər və işlər sayəsində Naxçıvanda sabitliyin, tərəqqinin və həmrəyliyin təmin olunmasına nail oldu.
Ulu Öndərin Ali Məclisin Sədri vəzifəsində işləyərkən dünya azərbaycanlılarını bir ideya ətrafında – Vətənə və xalqa xidmət uğrunda birləşməyə səsləməsi və 1991-ci il dekabrın 16-da Ali Məclis tərəfindən “31 Dekabr Dünya Azərbaycan Türklərinin Həmrəylik və Birlik Günü haqqında” Qərarın qəbul edilməsi xüsusi əhəmiyyətə malikdir. “Bu zamanın, bu dəqiqələrin, bu saatın hökmünü nəzərə almaya bilməzdim... Xalqın bu əhval-ruhiyyəsini, tələblərini nəzərə alaraq bütün məsələləri götür-qoy etdim. Mən öz taleyimi xalqa tapşırmışam və xalqın iradəsini, yəqin ki, indi bu müddətdə, bu çətin dövrdə yerinə yetirməliyəm” - Ulu Öndər Heydər Əliyev. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin üçrəngli Dövlət bayrağı Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin 1990-cı il noyabrın 17-də keçirilən sessiyasında Ümummilli Lider Heydər Əliyevin təşəbbüsü Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı olaraq təsdiq edilmişdir. Ulu Öndər Heydər Əliyevin həm SSRİ dönəmində, həm də müstəqillik illərində ölkəmizə rəhbərliyi dövründə xalqın rifah halının daha da yaxşılaşdırılması, respublikamızın tərəqqisinin təmin olunması və digər istiqamətlərdə tarixi əhəmiyyətə malik olan misilsiz işlər görülüb. Müasir müstəqil Azərbaycan dövlətinin memarı və qurucusu, milli həmrəylik və bütövlüyü təmin edən azərbaycançılıq ideologiyasının banisi, xalqımızın və dövlətimizin xilaskarı, Ümummilli Lider Heydər Əliyevin Azərbaycan xalqı və dövləti qarşısındakı tarixi xidmətləri misilsizdir. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi Azərbaycan SSR Ali Soveti qarşısında üçrəngli bayrağın Azərbaycanın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırmışdır. 1991-ci il fevral ayının 5-də həmin vəsatətə baxılmış və Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti “Azərbaycan Respublikasının Dövlət bayrağı haqqında” Qanun qəbul edərək onu yenidən Dövlət bayrağı elan etmişdir. Sonralar Ümummilli Lider bu barədə deyirdi: “Mən belə fikirdəyəm ki, Naxçıvan MR Ali Məclisinin qəbul etdiyi qərarlar Azərbaycan Respublikasının işinə çox təsir etdi və Azərbaycan rəhbərliyi bir neçə belə qərarın qəbul edilməsində məcburiyyət qarşısında qaldı. Naxçıvan Muxtar Respublikasının üzərində bu bayraq 1990-cı il noyabrın 17-də, Azərbaycan Respublikasında isə 1991-ci il fevralın 5-də dalğalandı”. Siyasi fəaliyyətinin Naxçıvan dövründə Ulu Öndər Heydər Əliyev gördüyü işlər, atdığı tarixi əhəmiyyətli addımlarla Muxtar Respublikanın qurtuluşunu, dirçəlişini və həmrəyliyini təmin etmiş oldu.
