Həmin illərdə görülmüş işlər sayəsində Azərbaycan inkişaf yoluna qədəm qoydu, beynəlxalq aləmdə daxili siyasətlə bağlı bütün məsələlərdə öz prinsipial mövqeyini nümayiş etdirdi, dünyada böyük hörmətə malik oldu. Ölkə daxilində başlanan islahatlar dövlətimiz üçün həlledici rol oynamışdır. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin üçrəngli Dövlət bayrağı 1990-cı il noyabrın 17-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, xalqımızın Ümummilli Lideri Heydər Əliyevin təşəbbüsü və rəhbərliyi ilə keçirilən sessiyada Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı olaraq təsdiq edilmişdir. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi Azərbaycan SSR Ali Soveti qarşısında üçrəngli bayrağın Azərbaycanın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırmışdır. 1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib. Ulu Öndər Heydər Əliyevin 1993-cü ildə Prezident seçilməsi Azərbaycan xalqını qurtuluşa aparan yolun ilk addımıdır. Ulu Öndər 1993-cü il oktyabrın 10-da dövlətə və xalqa sədaqət andı içərək Azərbaycanı böyük bəlalardan, faciələrdən hifz edib, ölkəni sabitlik, iqtisadi inkişaf və tərəqqi yoluna çıxarıb, qlobal enerji-kommunikasiya layihələrini reallaşdırmaqla Vətənə sədaqətlə xidmətin əyani nümunəsini yaratdı. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də keçirilən növbəti prezident seçkilərində yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. “Əsrin müqaviləsi” 1994-cü ilin sentyabr ayının 20-də Azərbaycanın Dövlət Neft Şirkəti ilə 6 ölkənin 10 şirkəti arasında bağlanmışdır. “Əsrin müqaviləsi” həm karbohidrogen ehtiyatlarının miqdarına, həm də qoyulan sərmayələrin həcminə görə dünyada bağlanan ən iri sazişlər siyahısına daxil olmuşdur. “Əsrin müqaviləsi” Azərbaycanın dünya iqtisadi sistemindəki yerini müəyyənləşdirmişdir. Həmin müqavilə daha sonra 19 ölkənin 41 neft şirkəti ilə 26 müqavilənin imzalanmasına yol açmışdır. Ulu Öndər Heydər Əliyev demişdi: “Əsrin müqaviləsi ilə qoyduğumuz təməl XXI əsrdə Azərbaycan xalqının inkişafı, firavan həyatı, müstəqil Azərbaycan dövlətinin suverenliyinin daha da möhkəmlənməsi üçün gözəl imkanlar yaradır və inanıram ki, XXI əsr müstəqil Azərbaycan dövləti üçün ən xoşbəxt dövr olacaqdır.” Ulu Öndər qaçqın və məcburi köçkünlərin məskunlaşdığı ərazilərə daim baş çəkirdi, xarici səfərləri zamanı onların vəziyyətinin dünya ictimaiyyətinə çatdırılmasına çalışırdı. Ölkəyə gələn bütün nümayəndə heyətlərinin rəhbərlərinin, xarici ölkələrin başçılarının məcburi köçkünlərin yaşayış tərzi ilə mütləq tanış olmaları Ulu Öndər tərəfindən bir vəzifə kimi qarşıya qoyulmuşdu. Onların yaşayış şəraitinin daha da yaxşılaşdırılması, ağır vəziyyətdə yaşadıqları çadır düşərgələrinin ləğvi üçün konkret addımlar atılırdı.
Ulu Öndərin təcrübəsi və siyasi peşəkarlığı sayəsində YAP ölkənin ən böyük və effektiv siyasi qüvvəsinə çevrilmişdir. Partiya Heydər Əliyevin ətrafında yaradılmışdır, onun siyasi təcrübəsi, bilikləri, xalq qarşısında göstərdiyi xidmətlər, çalışdığı dövrdə göstərdiyi əsl vətənpərvərlik və öz xalqına olan sadiqlik Azərbaycanın mütərəqqi insanlarını onun ətrafında birləşdirdi. 1990-cı il yanvarın 21-də Sovet rejiminin qadağalarına rəğmən, həyatını təhlükə qarşısında qoyaraq Azərbaycanın Moskvadakı daimi nümayəndəliyinə gələn Ulu Öndər Heydər Əliyev qanlı faciənin təşkilatçılarını qarşısında ittiham etdi, ifşaedici və cəsarətli bir bəyanat verdi. Heydər Əliyevin 1970-1980-ci illərin əvvəllərində gördüyü işlər önəmli rol oynayırdı. Heydər Əliyev 1969-cu ildə Azərbaycana rəhbərlik etməyə başlayanda Azərbaycan Respublikası Sovet İttifaqının müttəfiq respublikaları arasında bütün göstəricilərə görə axırıncı yerlərdə idi. Ulu Öndər Heydər Əliyev ölkəyə rəhbərlik etdiyi dövrdə sənaye, o cümlədən yüngül sənaye və kənd təsərrüfatı ən parlaq inkişaf dövrünü yaşamışdır. Ulu Öndərin müdrik siyasəti nəticəsində Azərbaycan, sözün əsl mənasında, müstəqil dövlətə çevrilmişdir. Azərbaycan xalqı haqlı olaraq Heydər Əliyevi Azərbaycan dövlət müstəqilliyinin qurucusu kimi qəbul edir. Onun rəhbərliyi altında dövlətçiliyin əsasları qoyuldu və ciddi islahatlara start verildi. Azərbaycan beynəlxalq aləmdə öz möhkəm yerini tuta bildi. Ən ağır məqamlarda Azərbaycan xalqı əmin idi ki, Heydər Əliyev müstəqilliyi, dövlət maraqlarını, xalqımızın, dövlətimizin maraqlarını qoruyacaq və xalqımızın inkişafı ilə bağlı ən düzgün qərar verəcəkdir. Xalqla iqtidar arasındakı birlik ölkənin uğurlarının əsas səbəbidir. Ulu Öndər Heydər Əliyev Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə cavab olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk edib. 1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev qısa müddət Bakıda qaldıqdan sonra Naxçıvanda yaşayıb, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilib. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti sədrinin müavini olub. Ümummilli partiyaya sədr seçilməklə Ulu Öndər böyük siyasətə qayıtdı. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilib.
